39至40節，正如上文所記，主耶穌雖然在猶太人面前行了許多神蹟，但他們仍然不信祂，這是要應驗先知以賽亞指著不信的猶太人說的話。他們之所以不信，作者解釋是因為以賽亞預言說：「主叫他們瞎了眼，硬了心，免得他們眼睛看見，心裡明白，回轉過來，我就醫治他們。」為何主叫他們眼瞎心硬呢？無疑因為他們原本已是不信，他們決絕不信主（參約11:49-53），使他們失去回轉歸向神的機會。作者補充以賽亞因為看見主的榮耀，就指著祂說「這話」，「這話」在原文是「這些話」，那就應該是指在上文38節及40節所引以賽亞的話。參考以賽亞書第6章，以賽亞在聖殿中看見神的榮耀並受差遣將信息傳給以色列人，作者是想帶出以賽亞的話預言的對象是主耶穌。
42至43節，雖然大祭司和不少法利賽人堅拒信主，但官長中卻有好些信了主耶穌的，尼哥底母應是其中一個例子（參約3:1-15、約7:45-52及約19:38-42）。但由於猶太人已經商議定，若有認主耶穌是基督的人，要把這人趕出會堂（參約9:22），故這些「信主」的官長，因法利賽人的緣故，就不肯承認信主，恐怕自己也被趕出會堂。當時猶太社群的生活中心是會堂，猶太人個人的身分與會堂緊密的聯在一起，倘若被趕出會堂，就如同要切斷猶太社群的關係。對這些官長而言，會堂更是他們彰顯權力和榮耀的地方。他們雖然信主是基督，但作者指出他們愛人的榮耀過於愛神的榮耀。因此，他們為此不承認信主顯然並不蒙神喜悅。今天的信徒面對個人的榮辱，也要小心我們是愛人或是愛神的榮耀而作抉擇。
44至46節，當主耶穌面對拒絕信祂和那些不敢承認信祂的人，祂大聲說：「信我的，不是信我，乃是信那差我來的。人看見我，就是看見那差我來的。」這些猶太人都說自己是相信神的人，主耶穌要他們知道，祂是父神所差來的，信祂的就是相信父神。但現在他們拒絕信祂、拒絕認祂，就是拒絕相信和承認他們所信的父神。主耶穌更說：「人看見我，就是看見那差我來的。」這表明祂就是神的彰顯，然而，猶太人卻不接受祂。主耶穌又說：「我到世上來，乃是光，叫凡信我的不住在黑暗裡。」祂再次表明祂的身份和使命，正如希伯來書作者指出「祂是神榮耀所發的光輝，是神本體的真像。（來1:3上）」祂是光，能使凡信祂的人出黑暗、入光明，就是脫離罪的轄制，得與神相和。
47至50節，雖然猶太人拒絕信主，但主耶穌表明「若有人聽見我的話不遵守，我不審判他。我來本不是要審判世界，乃是要拯救世界。」主耶穌也不只一次在本書卷中提到同一類的話（參約3:17），祂第一次來到世界的使命是為救贖，不是為審判。然而，當主耶穌在末日再來之時，祂就是要審判世界。因此，現今仍是恩典時代，對未信主的人，他們就當趁著還機會接受福音；對已信主的人，我們就當將福音傳給仍未信主的人。主耶穌再解釋說：「棄絕我、不領受我話的人，有審判他的，就是我所講的道，在末日要審判他。」這裡的「末日」就是審判之日，那些棄絕主的人，就是不信主的名的人，他們要承擔自己的罪責（參約3:18）。為何拒絕這「道」就成了不信者被定罪的證據呢？在本書卷3章19至20節提到「光來到世間，世人因自己的行為是惡的，不愛光倒愛黑暗，定他們的罪就是在此。凡作惡的便恨光，並不來就光，恐怕他的行為受責備。」他們被主的道審判，是因為他們的行為，主的道為何可以判定他們的行為是惡的呢？為何祂講的道具有審判的能力呢？主耶穌解釋說祂不是憑著自己講，惟有差祂來的父神已經給祂命令，叫祂說什麼，講什麼。換言之，主耶穌所講的道，全是父神的旨意，主耶穌按父神的命令講，沒有加上自己的意思。將來不信者被定罪，就是因為他們拒絕神的道，他們就要承擔自己犯罪而來的刑罰。況且，神藉主耶穌講的話原是叫人得永生。故此，主耶穌照父神的吩咐，將永生之道講給世人，叫一切信祂的人不致滅亡，反得永生。現在那些不信永生之道的人，結局就只有滅亡。
13章1節，距離主耶穌受害的時間越來越近，就在逾越節以前，主耶穌知道自己離世歸父的時候到了。關乎人類前路最重要的時刻即將來到，主耶穌那時所想到的是世間屬自己的人，祂愛他們，並且愛他們到底。誰是屬主的人呢？就是那些聽祂聲音的羊（參約10:3-4）。當主即將離世，屬祂的人卻仍要留在「世間」，祂是何等愛他們呢！經文形容祂愛他們「到底」，「到底」的愛是無盡的愛、是毫無保留的愛、是不能再進深的愛、是神的愛。然而，想到祂所愛的人是如此不濟、人是如此多保留、如此軟弱、如此不配，但主耶穌仍然願意愛我們到底。
2至3節，最後的晚餐到了，作者在此時指出一個可惡的情景，就是猶大賣主。魔鬼已將賣主耶穌的意思放在西門的兒子加略人猶大心裡，其實在本書卷6章70至71節，已經記載主耶穌是知道出賣祂的就是加略人猶大。一顆愛門徒到底的心思與一個貪財到底的心思成了強烈的對比，但我們很驚訝主耶穌雖然明知猶大賣祂的心，但當祂為門徒洗腳，其中竟然也包括這個「叛徒」。我們的主知道一切，知道猶大賣主、門徒爭大、自己即將被賣受害；祂更知道父神已將萬有交在祂掌管，並知道祂是從神而來，又知道現在要回到父神那裡。雖然祂知道這一切，但此刻祂的焦點卻放在門徒身上。祂掌管萬有，祂是神的兒子，身份地位是何等的尊貴，但祂即將要做的，卻是放下祂作為老師、作為至高者的身份，做起僕人的工作，要洗了門徒的腳，為要愛他們到底！