1至4節，使徒約翰提到「這事以後」，「這事」就是指上文提到的神蹟，本段記載的是本福音書中的第三個神蹟。這裡所指的猶太人一個節期，具體並不能確定是什麼節期，但這神蹟肯定是發生在安息日，並且因而引發猶太人與主耶穌的「衝突」。「羊門」在聖經中共提過四次，其餘三次均在尼希米記中，重建耶路撒冷城牆時提過「羊門」。「畢士大池」只在本節提過，當時猶太人以為「有天使按時下池子攪動那水，水動之後，誰先下去，無論害甚麼病就痊癒了」，因為有這個「傳說」，在畢士大池旁邊的五個廊子內，便躺著許多不同病患的病人，但他們都是患有「長期」或「不治」疾病。他們存有虛妄的想法，在等候水動都希望在池子的水動之後，可以第一個下到水中，便可痊癒。然而，他們卻不曉得擁有無窮生命大能的主，卻正在他們身邊經過。
5至9節，在眾多的病人中，有一個人病了三十八年，主耶穌看見他躺著，雖是第一次見他，主卻知道他病了許久。顯出主耶穌是無所不知，祂從在眾多病人中揀選了這人，就問他說：「你要痊癒嗎？」從那人的反應，我們知道他指望有人幫他，可以在水動時把他放進池中，但在過去水動時，無人幫他，以致其他人都比他先下去。我們可以想像到他為此而心感絕望。人生在世，的確有許多事情叫人無奈，但人總常依靠別人來幫助自己，但卻不曉得唯有那位掌管萬事的主來能成為我們的幫助。當那人沒有尋求主耶穌之前，主卻憐憫他，對他說：「起來，拿你的褥子走吧！」主不用他到池中，也不用天使來幫助，主耶穌只說一句，那人便立刻痊癒，就拿起褥子來走了。這便是我們所信的主，祂有憐憫、有恩典、有大能，我們屬祂的人卻常常為明天憂慮，不曉得來到祂的施恩寶座前，這是何等可惜可歎。其實主耶穌使這人痊癒，可以仍然叫他坐下，不需拿起褥子行走，那下面與猶太人的衝突便可能避免。但主沒有這樣做，不是祂不知後果，祂乃是明知而為之。
10至16節，猶太人已經扭曲了守息日的意義，只著重外表的規條，而不看神設立安息日的原意。在安息日不能作工的原意，神是要人為地上生活勞碌六天後，第七天可以享受神賜的安息，得以親近神，思念到屬天的事。然而，猶太人為使百姓不犯安息日，就明文規定有三十九種工作在安息日不可做，並記在他們拉比的律法中，包括「撒種、耕田、收成、綁稻禾、打穀子、簸去糠皮、清理稻穀、磨東西、篩東西、揉面、烤東西、剪羊毛、洗或打或染羊毛、紡線、織布、做兩個圈、織兩條線、將兩條線分開、打結、解開結、縫兩針、拆線以便縫兩針、獵鹿、殺鹿或剝鹿皮或醃鹿或醃鹿皮、刮鹿或切成塊、寫兩封信、擦掉以便寫兩封信、建築、拆毀、熄火、點火、用槌子敲東西和將東西從某處拿到另一處。」拿褥子行走便是「將東西從某處拿到另一處」的禁止規定。試想想，假若真有天使若攪動池水，有人立刻把病人放在水裡，這些搬動病人的人豈不也是犯了安息日嗎？為何猶太人又不禁止他們呢！這種選擇性守安息日更證明猶太人的不是。主耶穌只揀選和醫治這病了三十八年的病人，一方面顯示主耶穌傳道不是為了治病，所以，不是所有當世的病人都得醫治；另一方面，這次治病是單純顯出主耶穌的大能，與這病人有否信心無關，因為這病人不是因信得治；此外，藉著這次安息日治病，主耶穌在稍後與猶太人的對話中，顯明祂神性的身份，不會受安息日規限，同時，猶太人亦因此而要對付主耶穌，一步一步成就神救贖的計劃。當主耶穌問這個患病三十八年的人要痊癒麼，經文顯示這人並不是真的已相信主，因為在主耶穌治好他後，連主耶穌是誰他也不知道，可見他不關心誰治好他，也看不到他有感恩的心。他只要痊癒，便拿褥子回家。猶太人因為那天是安息日，他們更指責這人在安息日拿褥子是不可以的。他隨即指出「那使我痊癒的對我說：‘拿你的褥子走吧！’」他這樣的回覆是表明不是自己故意違反安息日。這得醫治的病人並不知道那醫好他的是主耶穌，當時因為人多，主耶穌也躲開了。後來主耶穌在殿裡遇見這得醫治的人，對他說：「你已經痊癒了，不要再犯罪，恐怕你遭遇的更加利害。」主耶穌沒有要求他不要和猶太人說祂是誰，主耶穌關心的是他的靈魂，希望他能真正悔改，由此可見，這人當時仍未信主。然而，這人似乎並未有領受主的勸誡，他著眼點是回應猶太人的指責，他應該知道猶太人是要抽出誰是干犯安息日的「主謀」。他便回去告訴猶太人，使他痊癒的是耶穌。他這樣的「報訊」，導致猶太人逼迫主耶穌，因為祂在安息日做了這事。
17至18節，面對猶太人的逼迫，主耶穌沒有退縮，祂的回應更惹來猶太人更大的憎恨。當猶太人指斥主耶穌教唆人在安息日拿褥子行走時，主耶穌便作回應說：「我父做事直到如今，我也做事。」的確，創天造地的神，從來不會受安息日規限，父神如此，作為父神的兒子，主耶穌也不會受此規限。不論是否安息日，神仍然不斷的作事，包括用祂的權能的命令托住萬有；垂聽萬人的禱告，拯救人的靈魂等等。主耶穌正表示祂是與神同工，也就是猶太人看為祂說自己與神同等。猶太人聽見主耶穌這樣的回應，就越發想要殺祂，因為祂不但犯了安息日，更嚴重的是祂稱神為父，將自己和神當作平等。猶太人理應查明主耶穌的真正身分，特別是猶太人豈不是在等候彌賽亞來臨嗎！但他們非但沒有尋求「真相」，更要除滅主。