38至40節，上文提到「凡父所賜給我的人，必到我這裡來；到我這裡來的，我總不丟棄他。」主耶穌在本段則解釋這應許不是按祂自己的意思，而是要按那差祂來者（父神）的意思行，這是祂從天上降下來的使命。父神的意思是祂所賜給主耶穌的人，一個也不失落，在末日卻叫他復活。主進一步解釋因為父神的意思是叫一切「見子而信」的人得永生，那什麼是「見子而信」的呢？難道要親眼見過主耶穌的才得救嗎？當然不是，歷世歷代以來，肉眼看見過主耶穌的人少之又少，但因信主得永生的人卻是數不過來那麼多人。按下文主耶穌以「吃我肉喝我血的人就有永生」，我們不難明白「見主而信」是指屬靈的看見。那時跟隨主的群眾，他們都看見了肉身的主，但他們大部份人都是得不著救恩，因他們是「見主而不信」。主在這裡說的「末日」是主再來，使死人復活的日子，同時，也是審判不信主之人可怕的日子。然而，這些群眾聽了主所說的信息，他們又在想什麼呢？
41至42節，約翰轉用「猶太人」來描述當時的群眾，約翰在本福音書中使用這個名詞時，常是用來描繪那些對主質疑、拒絕和反對的猶太人。在這裡，猶太人因為主耶穌說「我是從天上降下來的糧」，就私下議論祂。無疑先前群眾是為地上的食物來「追隨主」，現在這些「猶太人」知道主耶穌所指的糧食只是比喻，不是「實體」食物，就私下議論主耶穌只不過是約瑟的兒子，祂的父母他們豈不認得嗎？如今主卻說「是從天上降下來的」，他們骨子裡既不相信祂的話，就更是輕看主耶穌的出身背景，以為祂只是木匠的兒子而矣。
43至45節，主耶穌回答他們私下議論所提的質疑，首先叫他們不要大家議論，人的議論並不能將人帶到基督面前。若不是父神吸引人，沒有能到主耶穌那裡來。在此在說人之所以得永生是出於神的吸引，表面看人好像沒有責任。其實從人的角度，人應當來到主耶穌面前相信祂，信子的人才有永生。但從從神的角度，則是出於神的吸引，人才能來相信主。這可說是從自由意志與神揀選的兩個角度看同一件事。主耶穌以後者的角度來論人到祂哪裡來是出於父神，祂引用先知書上寫著說：「他們都要蒙神的教訓。（參賽54:13）」神是願意將祂的心意向人顯明，凡聽見父神之教訓又學習的，就到那些願意主那裡來的人。換句話說，父神作主動的教訓，但人仍需有自己當盡的責任去學習。
46至47節，雖然說「父吸引人」和人都要「蒙神的教訓」，主耶穌補充說明：「這不是說，有人看見過父，惟獨從神來的，祂看見過父。」猶太人都知道沒有人看過神，但主說惟獨從神來的見過父，這當然是指著「人子」說的。除了主耶穌以外沒有見過父，只有在父懷裡的獨生子將祂表明出來（參約1:18）。主便用嚴肅的口吻表明「我實實在在的告訴你們：信的人有永生。」人只可憑著對主耶穌的信心，才得著永生。
48至52節，主耶穌回到上文論糧食的信息，祂明確的說：「我就是生命的糧。你們的祖宗在曠野吃過嗎哪，還是死了。」嗎哪雖是神供應給猶太人的祖宗，但嗎哪並非真正的「生命之糧」，因為吃了的人還是死了，也不能因此而復活。但祂這生命之糧是從天上降下來的糧，叫人吃了就不死。我們都知道「吃真糧」是比喻信主的人。主耶穌又再次說明，祂就是從天上降下來生命的糧，人若吃這糧（祂），就必永遠活著（得永生）。祂所要賜的糧就是祂的肉，為世人之生命所賜的。在猶太人聽來，就越聽越不明白，生命的糧是指祂的肉，他們無法理解。今天我們就知道主所要賜的糧（就是祂的肉）是指祂道成肉身的身體，為世人被釘死在十架上。猶太人完全不能領會主所說的比喻，他們只認為主耶穌怎能把祂的肉給他們吃呢！意思是完全不可理喻。相信他們是沒法理解，因而各有所說，便產生彼此的爭論。
53至55節，主耶穌知道他們彼此爭論，便再實實在在的將得永生的條件用比喻再告訴他們，從反面角度，人若不吃人子（主耶穌）的肉，不喝人子的血，就沒有生命在他們裡面。除了吃祂肉，還加上喝祂血，祂這樣表達，無疑使猶太人更拒絕祂的話了，因為舊約律法明明嚴禁他們吃血（參利17:10-14），現在主耶穌說若不喝祂的血，不能得永生（「就沒有生命在你們裡面」）。並且重述吃祂肉喝祂血的人就有永生，在末日主耶穌要叫他復活。顯然這種「違背舊約律法」的講論惹來猶太人的極度反感。主耶穌好像唯恐他們不明白，祂再次強調「我的肉真是可吃的，我的血真是可喝的。」這便將群眾原先「追隨」主的心態完全顯露出來。
56至59節，主耶穌再解釋「吃我肉、喝我血的人」會有什麼變化，這些人會常在主裡面，主也常在他裡面。如上文所提到「信的人有永生」（參6:47），那吃祂的肉和喝祂的血其實是比喻相信祂。按此，信祂的人便能常在祂裡面，祂也常在他們裡面，這是生命結連的關係。主和門徒之間彼此在對方裡面的真理，在往後的經文有更清楚的說明（參約15:4-7）。因此，主耶穌不是在講空話，問題是這些群眾存著不信的心而已。主又解釋說：「永活的父怎樣差我來，我又因父活著；照樣，吃我肉的人也要因我活著。」父差子到世上來，道成了肉身，主是百分百的人，祂在世上能活著乃因父活著，這是表明主耶穌與父神之間有著那種生命的關係。照樣，吃祂肉的人也要因主耶穌活著，就是凡相信祂的人，也必能因為主的緣故而活著（得永生），就是得到永遠與主同在的關係。主耶穌以58節來總結祂以上的信息，主耶穌就是從天降下的糧，相比猶太人的祖宗所吃的嗎哪，他們的祖宗吃了還是死了，這些物質的食物不能使他們永活。但凡吃祂這糧的人，就是信祂的人，將永遠活著，這種與神的關係將會直到永生，信的人雖然死了，在末日也必復活。這些話是主耶穌在迦百農會堂裡教訓人說的。