6章60至62節，主耶穌所講食肉喝血的比喻帶來「狂風掃落葉」般的影響，不單是群眾，就是祂的門徒中有好些人聽見了，就說：「這話甚難，誰能聽呢？」顯然他們是不明白上文比喻的真正含義，故無法接受主耶穌的話，但應不包括彼得等門徒。主當然知道大量的「門徒」因祂的話議論，就對他們說：「這話是叫你們厭棄嗎？」「厭棄」原文作「跌倒」，這些門徒既無法理解，他們便失對主的信心，在跟隨主的路上跌倒了。主耶穌便問他們說：「倘或你們看見人子升到祂原來所在之處，怎麼樣呢？」當主再次升到天上，代表著祂已完成救贖，就是為世人死在十架上，復活升天。然而，今天他們既拒絕相信祂的話，將來又怎能相信祂所成為就救恩呢！
63至64節，主耶穌提醒門徒，「叫人活著的乃是靈，肉體是無益的。」叫他們的焦點從肉體的需要轉向屬靈的需要上，正如主耶穌與尼哥底母論重生時提到「從肉身生的就是肉身；從靈生的就是靈」。人是永遠無法靠自己的肉身得到永生，惟有聖靈將永生賜給人。但人如何可得靈得生命呢？主便解釋說：「我對你們所說的話就是靈，就是生命。」祂的話當然包括上文提到的食肉喝血的話，若他們厭棄主所說的這些話，他們又如何能得生命呢！主耶穌指出門徒中間有不信祂的人。其實不信主的門徒為數不少，但使徒約翰特別記下耶穌從起頭就知道誰不信祂，誰要賣祂，這話是指著賣主的猶大說的。為何主知道猶大要賣祂，仍然讓他成為最親近祂的十二門徒之一呢？固然是為要成為神的救贖計劃，同時，主耶穌也是給予猶大選擇悔改的機會。
65至66節，耶穌又說：「所以我對你們說過，若不是蒙我父的恩賜，沒有人能到我這裡來。」主耶穌在6章44節，曾經指出「若不是差我來的父吸引人，就沒有能到我這裡來的」。因此，從神的角度，人之所以能到主那裡去，並非是人有什麼可取的地方或是靠人的行為，乃全是出於神的「恩賜」。從人的角度，若人存不信的心，就不能到主那裡去。「從此，祂門徒中多有退去的」，不信是這些門徒退去的原因，他們根本上是拒絕主耶穌的話，不接受神所賜的恩典。這些所謂門徒現在「不再和祂同行」，正反映他們從前不是真認識主，不少人只是因見到神蹟或因食餅得飽而跟隨祂，現在當主耶穌講了一些他們難以接受的話（其實是他們不明白），他們沒有進一步求問，便離開了主。
67至69節，當群眾散去，主耶穌就對那十二門徒說：「你們也要去嗎？」主耶穌知道他們的心如何，祂這樣問是叫他們思想自己是如何跟隨主。彼得的回覆好像是代表十二個門徒回答，但相信他隨己心意而說：「主啊，你有永生之道，我們還歸從誰呢？」他認為他們跟隨了主這麼久，是因為他們認識到主有「永生之道」。彼得之所以跟隨主，並非因食餅得飽或只是看到神蹟，而是聽主耶穌所講關乎永生之道，他們又相信了。他們不單相信祂的話，他更說：「我們已經信了，又知道你是神的聖者。」彼得知道主耶穌是「神的聖者」，在福音書中認識主耶穌這個身份的還有污鬼，當時主在會堂裡，有一個人被污鬼附著。牠便喊叫說：「拿撒勒人耶穌，我們與你有甚麼相干，你來滅我們嗎？我知道你是誰，乃是神的聖者！（可1:24）」魔鬼認識主耶穌是神的聖者，祂能夠除滅牠們。但彼得相信主耶穌是「神的聖者」，乃因祂有永生之道，祂是來自父神的。我們今天得的啟示比起那時的彼得更全面和清楚，然而，我們又如何按著對主耶穌基督的認識來跟隨祂呢！
70至71節，當彼得向主耶穌表明跟隨祂的決心後，主耶穌講了一句門徒（不包括猶大）暫時不明白的話：「我不是揀選了你們十二個門徒嗎？但你們中間有一個是魔鬼。」門徒能認識主有永生之道，又相信祂是神的聖者，從主的角度，這完全是出於祂的揀選。但祂卻指出他們中間有一個是魔鬼，經文隨之解釋主耶穌這話是指著加略人西門的兒子猶大說的；他本是十二個門徒裡的一個，後來要賣主耶穌的。自從本章71節起，在本書往后的經文中，多次指出猶大是那將要賣主耶穌的門徒，包括約12:4、13:2、18:2、18:5、21:20，相信使徒約翰是十分在意猶大賣主這事。我們試想想，雖然主耶穌給予加略人猶大多次機會悔改，他若真認識主是神的聖者，他應該感到害怕，甚或應該悔改，但他走到最後仍不悔改，硬著心腸將主賣了，這是何等可悲、可惡！
7章1至5節，本段提到主耶穌的弟弟們不信祂的事件。主耶穌在加利利遊行，不願在猶太遊行。因為猶太人想要殺祂。當然主耶穌不是貪生怕死，而是祂知道父神安排的時間未到。當時猶太人的住棚節近了，按利未記所記，住棚節是為記念以色列人的先祖在曠野過著住帳篷而飄流的生活。住棚節的第一天及第八天分別會舉行嚴肅會，百姓需住在帳篷裡七天，每天獻祭，在神面前歡喜快樂。在主耶穌的時代，住棚節近了，猶太人都會聚集在耶路撒冷過節，主耶穌的弟兄就對他說：「你離開這裡上猶太去吧，叫你的門徒也看見你所行的事。」祂的弟弟們知道有人跟隨主，他們叫祂上猶太去過節，目的是叫更多人看到祂所行的事，就是祂所行的神蹟。在大型的節慶中顯露這些，便能吸引更多人跟隨祂。所以他們才對祂說：「人要顯揚名聲，沒有在暗處行事的；你如果行這些事，就當將自己顯明給世人看。」然而，使徒約翰加了一個註腳，就是「因為連祂的弟兄說這話，是因為不信祂。」他們根本不相信祂是基督，或許他們完全沒有興趣認識祂的身份，畢竟祂與他們相處了這麼多年。他們只想祂能顯揚名聲，相信對他們而言，主耶穌的「勢力」越大，他們應該會得到不少好處。