2章18至22節，有猶太人起來挑戰主說：「你既作這些事，還顯甚麼神蹟給我們看呢？」耶穌作「這些事」指祂破壞了他們買賣的「秩序」，但祂憑什麼權柄進行「破壞」呢？猶太人挑戰祂的就是要行神蹟，他們認為只有主耶穌行神蹟才能證明祂的行動是出於神，若主耶穌不能行神蹟，他們就有理由因祂破壞「秩序」而攻擊祂了。主耶穌沒有即時行神蹟，但回應他們說：「你們拆毀這殿，我三天內要再建立起來。」主耶穌預言猶太人將拆毀這殿，但猶太人沒有為此點爭辯，但祂說三天重建聖殿的話，猶太人就以為主是吹噓誇大，他們隨即表示難以相信主的話，並引證據說：「這殿是四十六年才造成的，你三日內就再建立起來麼？」大希律是在主前二十至十九年期間開始建殿工程，經文說這殿是四十六年才造成，應是指著主後約二十七年，大希律為聖殿完成了階段性的工程。約翰在寫書時加上解釋，其實主是以自己的身體為殿，「聖殿」內的擺設和祭禮等，大都是預表主耶穌的救贖。按此，猶太人「拆毀」殿，就是要殺死主耶穌，而主耶穌在三日內就再建立起來，指的就是祂要在死後三日復活。然而，那些挑戰主的猶太人並不明白，當時就連門徒也不領會。約翰指出主從死裡復活以後，門徒才想起祂說過這話，便信了聖經和主耶穌所說的。可以說潔淨聖殿的事件成了造就門徒的經歷，引導他們明白神的說話。我們今天對聖經也許未能即時領會明白，但只要存記在心裡，終有一天，真理的聖靈也會引會引導我們明白真理。
2章23至25節，相對那想起主話而信的門徒，經文特別記載是當耶穌在耶路撒冷過逾越節的時候，有許多人看見主所行的神蹟，就信了祂的名。據此，除了潔淨聖殿，主耶穌在這次過逾越時，還在不少人面前行了神蹟，為此許多人便「信」了主。然而，從主耶穌的反應，就是「卻不將自己交託他們」，便可知這許多人的信並不是主耶穌認同的「信」，他們並非真認識主。要知道一個人是否「真心信主」，就人而言，的確是沒有百分百把握分辨，縱使有人作見證證明別人如何真心信主，其實都只是針對人外表的行為而矣。惟獨主耶穌知道萬人，也用不著見證人，因祂知道人心裡所存的。至於主耶穌「將自己交託他們」，在原文字義上，「交託」含有「託付」的意思。主耶穌是如何將自己託付真心信主的人呢？我們若研究門徒日後的經歷便稍為明白這話的寶貴。例如：主耶穌向門徒分享祂心裡面的話，與他們建立親密的關係，又將使命和屬靈的權柄託付他們等，這都是主耶穌對他們的信任。想到今天各教會裡面，肯定會有不少稱為信主名的人，其實都是不清楚得救，並非真心信主的，同樣主耶穌也沒有將自己託付給他們。惟有信子得永生的人，可以領受主的託付。
3章1至4節，對比見了神蹟而表示「信」的猶太人，約翰記載了一位猶太人的官（猶太公會的委員），名叫尼哥底母的法利賽人。這人夜裡來見耶穌，他首先說：「拉比，我們知道你是由神那裡來作師傅的，因為你所行的神蹟，若沒有神同在，無人能行。」「他們」相信是指猶太公會和法利賽人的群體，他們並不確定主是否基督（彌賽亞），尼哥底母暫只能視祂為拉比、師傅。尼哥底母來找主真正的目的，可從主耶穌回答他的話中看到，因為主說：「我實實在在的告訴你、人若不重生、就不能見神的國。」他原來是為了「神的國」來找主耶穌，因著主行的神蹟，無疑不少猶太人都會在談論祂是誰，祂會不會就是以色列人等候要來的彌賽亞呢！若是，祂來了就能推翻羅馬帝國，復興以色列國了。相信由於涉及重建以色列國的敏感話題，加上主在潔淨聖殿的事上得罪大祭司等人，因而尼哥底母不想讓人知道他來找主，故才夜裡見主耶穌。主耶穌回答他未問出口的問題，但部份答案卻使他感到莫明所以。因為主耶穌用十分確實的話說：「我實實在在的告訴你、人若不重生、就不能見神的國。」他不明白為何主耶穌說他要「重生」才能見「神的國」呢？什麼又是「重生」呢？因此，尼哥底母問：「人已經老了、如何能重生呢．豈能再進母腹生出來麼。」從一般人的認知，年紀已老的人（包括尼哥底母自己）怎能再進母腹生出來，重新變回嬰孩呢？「重生」既有違生命成長的定律，如何可以做到呢？
3章5至6節，主耶穌同樣用很「確實」的語氣回答他，只有「從水和聖靈生」的人能進入神的國，要明白何謂「從水和聖靈生」，先要看什麼是「能進入神的國」。「神的國」就是神作王的國，要進入神的國，要作祂的子民，那便要符合祂的要求。主說神是個靈，所以拜祂的，必須是出於心靈和誠實，這人便不是「肉身生的」。神定規人進入「神的國」必須是「從水和聖靈生」，才能成為神的子民。但什麼是從「水」生呢？什麼是從「靈」生呢？按下文，顯然主耶穌只聚焦講解「從靈生」，主耶穌認為尼哥底母應該明白「從水生」的意思（尼哥底母也真的沒有追問這點），相信這是指著施洗約翰的「悔改的水禮」。因此，「從水生」就是指認罪悔改。今天我們必然明白，認罪悔改是「信耶穌」的前題。至於「從靈生」，就猶太人盼望的「天國」而言，他們是以為復興屬地的以色列國度為盼望，但這只是從「肉身生的」，並非屬靈的。就蒙恩救得的信徒而言，接受救恩才是「從靈生進入的天國」的惟一方法，不是靠其他任何方法或行為。按下文，主更進一步說「凡從聖靈生的」也是如此，故「從靈生」也就是從聖靈生的，聖靈在人裡面因著人的相信，將人的生命完全改變過來，從屬靈的角度，就是一個新造的人。人若沒有這個重生的屬靈生命，就不能進神的國，也就不得救了。