43至46節，在主耶穌說話之間，祂叫門徒起來，其實主已知道有人要來捉拿祂，但祂不是對門徒說有人要來捉拿祂，而是說「那賣我的人近了」，祂是讓門徒知悉賣祂的是誰。「忽然」那十二個門徒裡的猶大來了，並有許多人帶著刀棒，從祭司長和文士並長老那裡與他同來，相信這個情景對門徒來說是異常奇怪的。馬可用「賣耶穌的人」來形容猶大，可見這個代名詞已「深入人心」。猶大知道客西馬尼園在夜裡黑暗的環境，捉拿主的人不容易認出誰是主耶穌，為免捉不到祂，猶大與他們說好暗號，由他領路，約好他與誰親咀，那便是主耶穌，猶大還特別提示他們，捉拿祂後要牢牢靠靠地帶去，意思是要他們小心，不要讓主逃脫。其實主是預知和甘心由他們捉拿，否則祂早已可以離開。經文形容猶大來了，隨即到耶穌跟前，說：「拉比」，便與他親嘴。猶大是如此「自然」接近主，以「問安」作賣主記號，毫無掙扎或羞恥的表現，明顯魔鬼已入了他的心，他定意為三十塊錢而埋沒良心出賣主。但他們捉拿主只不過是成就了神救贖的計劃，那些人便上前，下手拿住耶穌。
47至52節，旁邊站著的人，有一個拔出刀來，將大祭司的僕人砍了一刀，削掉了他一個耳朵。從其他福音書，我們知道當彼得看見兵丁捉拿主耶穌，他原在問主耶穌可不可以拿刀砍，主還未回答，他已伸手拔刀，將大祭司的僕人砍了一刀，削掉他的右耳．那僕人名叫馬勒古。主就對彼得說：「收刀入鞘吧．我父所給我的那杯、我豈可不喝呢？」（參約18:10-11）主也說凡動刀的、必死在刀下，彼得完全不明白主過去多次提到自己受苦受害的預言。主耶穌對那些捉拿祂的人說：「你們帶著刀棒出來拿我，如同拿強盜嗎？我天天教訓人，同你們在殿裡，你們並沒有拿我；但這事成就，為要應驗經上的話。」主是在指出他們的拘捕行動並不合理，主之前天天在殿裡教訓百姓，他們知道也沒有下手捉拿祂，現要晚上才帶著刀棒來，如同強盜那樣拿祂，他們其實知道自己理虧，沒有罪證捉拿主，所以他們怕在白天行事，聽主講道的百姓會起來用石頭打他們，所以，不敢下手；現在與猶大聯手，便在深夜來捉拿主。那時，門徒都離開他，逃走了。這應驗經上記著說：「我要擊打牧人、羊就分散了。」（參可14:27）有一個少年人，赤身披著一塊麻布，跟隨耶穌，眾人就捉拿他。他卻丟了麻布，赤身逃走了。這少年人是誰，有聖經學者估計是馬可，由於是自己，故他在福音書內不提自己的名字。
53至65節，馬可在本段記載他們把耶穌帶到大祭司那裡，這已是主耶穌第二次受審，第一次受審是主耶穌先被帶到亞那面前，亞那是在任大祭司該亞法的岳父（參約18:13）。眾祭司長、民間的長老、和文士，已經在那裡聚集。彼得遠遠地跟著耶穌，直到大祭司的院子，進到裡面，就和差役同坐，要看這事到底怎樣。在審問的過程，祭司和全公會尋找假見證控告主，可見要治死主的勢力早已形竹成。然而，雖然有好些人作假見證控告主，但總找不著實據，他們的見證也各不相合。祭司和公會的目的是要殺主，但要治死罪需要實據。最後，又有幾個人站起來作假見證告他，說：「我們聽見他說：‘我要拆毀這人手所造的殿，三日內就另造一座不是人手所造的’。」他們就是這麼作見證，也是各不相合。其實關於主對聖殿的預言，在三年前主第一次上耶路撒冷潔淨聖殿時已經說過了（約2:19），但他們完全不明白主這句是指著什麼事說的，就是指他們殺死主及主將死而復活。大祭司見主不回答，也不言語，就對主說：「你是那當稱頌者的兒子基督不是？」他們這個問題並非假見證，主雖然明知是有陰謀在問題背後，主耶穌還是回答說：「我是。你們必看見人子坐在那權能者的右邊，駕著天上的雲降臨。」主這樣回答其實已是承認自己是神的兒子，大祭司便撕裂衣服，說：「我們何必再用見證人呢？你們已經聽見他這僭妄的話了。你們的意見如何？」他們終於找到他們認為有力的「證據」，他們便異口同聲說要定主耶穌該死的罪。就有人吐唾沫在他臉上，又蒙著他的臉，用拳頭打他，對他說：「你說預言吧！」差役接過他來，用手掌打他。他們這樣惡待和戲弄主，他們認為主承認是神的兒子，便用蒙臉打祂這樣譏笑祂，主卻不回答他們。這是應驗以賽亞書的預言：「他被藐視、被人厭棄、多受痛苦、常經憂患。他被藐視、好像被人掩面不看的一樣‧我們也不尊重他。」（賽53:3）又說：「他被欺壓、在受苦的時候卻不開口．他像羊羔被牽到宰殺之地、又像羊在剪毛的人手下無聲、他也是這樣不開口」（賽53:7）。
66至72節，彼得跟著主耶穌到了大祭司家中，他就來坐在僕人和使女中間烤火，雖在晚上，因彼得對著火堆，其中一個使女看見他便前來說：「你素來也是同拿撒勒人耶穌一夥的。」彼得心裡產生害怕的感覺，感到認了是主耶穌一夥會有危險，他為求自保便在眾人面前對那使女說：「我不知道，也不明白你說的是甚麼。」他這樣說和他說「不認祂」是沒有兩樣，這時的彼得是否想起自己曾經對主耶穌說過：「我就是必須和你同死，也總不能不認你。（太26:35）」他於是出來，到了前院，雞就叫了。又有使女看見他，又對旁邊站著的人說：「這也是他們一黨的。」彼得又不承認。經過了第一次的不認主，彼得仍然被恐懼感徹底的「控制」，他這次還是不認，其他福音書更記載他以起誓來掩飾自己的謊話。彼得現時已軟弱到如此地步！過了不多的時候（路加福音記載約過了一小時），旁邊站著的人又對彼得說：「你真是他們一黨的，因為你是加利利人。」彼得就發咒起誓地說：「我不認得你們說的這個人！」彼得在這一小時內，他的內心世界如何？雖然無法知道他具體的想法，但當只是旁邊的人又說他是主耶穌的一黨，並且說他翠加利利人。這一次彼得的恐懼感便更強烈！好像人家有證據指證他犯罪一般，這次他「發咒起誓」的不承認，意思是斬釘截鐵的表明，他為求逃避可能的危險，他徹底的不認主了。按主耶穌的教訓：「凡在人面前不認我的，我在我天上的父面前，也必不認他。（太10:33）」因此，現在彼得發咒起誓，神真的可以照他的誓言來即時報應他。但因著主的憐憫，明白彼得對主仍然有心，體恤他的軟弱，他只是被撒但篩他。其實，倘若彼得真的全然不信主、不愛主，他就早在第一次不認主時，便離開那裡了。就在第三次彼得不認主，立時雞叫了第二遍。彼得想起耶穌對他所說的話，「雞叫兩遍以先，你要三次不認我。」思想起來，他就哭了。彼得當晚陷在極大的恐懼之中，撒但正要篩他。因為主耶穌的愛和憐恤，主在整個過程中用恩典來叫醒彼得。雞叫兩遍是恩典，因為彼得明明聽到雞叫第一次，他仍然未醒悟過來，只以為天快亮了。參考其他福音書，當彼得第三次不認主，他遠遠的望一望主耶穌，主耶穌在此時也特意轉過來看彼得，當他們的視線就有了接觸，主的眼神喚醒了彼得。彼得全然醒過來，就出去痛哭了。彼得三次不認主的事件，給與我們莫大的激勵。這是「一次得救，永遠得救」的保證。如果一個人是真心信主的，主會為他禱告，叫他不至於失了信心。然而，連彼得也有三次不認主的軟弱，所以任何人都不要自誇．我們只能「仰望我們主耶穌基督的憐憫、直到永生。（猶21）」