7至8節，主耶穌指出「你們必須重生」，尼哥底母反應是不明所以，但主認為尼哥底母理應明白祂所說的，故叫尼哥底母不要以此為希奇（下文續解）。主耶穌用自然界的現象來解釋重生的道理，祂以風比喻為聖靈的工作，「風隨著意思」代表聖靈是按自己的意思來成就人的重生，這並不是靠人的意志或想望，「你聽見風的響聲……凡從聖靈生的，也是如此。」，意思是聖靈叫人重生，雖然人不能「直接」看見聖靈在作工，但卻見到凡祂所重生的人「必定」有著生命的改變，到底人的生命如何發生這樣根本的屬靈改變，人是無法識透，就好像人看不見風的移動，但卻能聽見風吹的響聲，就如人重生的見證。
9至11節，「怎能有這事呢」表示尼哥底母對主耶穌的講論仍是摸不著頭腦，但主卻認為他身為法利賽人，又是猶太人的官，那便是以色列人在宗教上的老師，他熟識舊約聖經，按理他對聖靈的重生道理應該能夠明白的，因舊約也有論到聖靈改變人生命的經文（例如：賽59:21、結36:26-27、珥2:28-29、約51:10）。主再次用確實的口吻告訴他，「我實實在在地告訴你：我們所說的，是我們知道的；我們所見證的，是我們見過的；你們卻不領受我們的見證（約3:11）」。主說的「我們」應是指三位一體的神，主所說所見證的，全都是實在的，但尼哥底母等人卻仍不接受主的見證。
12至13節，主對他們說地上的事是指什麼呢？應該包括剛才所說靈聖重生的事，但尼哥底母等人卻不信又不明白。主耶穌便指出，若祂說天上的事，他們又如何能信呢？「天上的事」就是關乎神永恆和屬天的計劃，主在下文（直至21節）都是在解釋天上的事，這一切都不是人能靠自己所能夠知道和明白的。「除了從天降下仍舊在天的人子，沒有人升過天」，「從天降下仍舊在天」的意思就是說主耶穌是具有神的屬性，並且只有祂憑自己便可以升到天上，就是舊約的以利亞也不是靠自己升天。因此，只有主耶穌自己才有資格將「天上的事」告訴他們。
14至15節，「摩西在曠野怎樣舉蛇，人子也必照樣被舉起來。」這歷史事件是記載在民數記21章4至9節，當時以色列百姓因路難行，就起來怨讟神和摩西與神，於是神就使火蛇進入他們中間，咬死了許多以色列人。百姓承認有罪了，懇求摩西為他們禱告。於是神對摩西說：「你製造一條火蛇，掛在杆子上：凡被咬的，一望這蛇，就必得活。」當時摩西便製造一條銅蛇，掛在杆子上，凡被蛇咬的，一望這銅蛇，就活了。主耶穌引用摩西怎樣將蛇舉起來，相比祂自己也會同樣被舉起來。無疑人子被「舉起」是指主耶穌被釘十字架。昔日因百姓犯罪，神為他們準備一個得救的方法，使他們不致死亡。人子也必照樣被舉起來，就是主耶穌被釘十字架，同樣是神為拯救世人所預備的「救法」。凡被蛇咬的以色列人必定要信神所預備這拯救他們的方法，就是要望那銅蛇才能活過來。現在主耶穌成就的救恩，也是叫凡相信祂的人不致滅亡，並且得著永生。尼哥底母曾在第4節所問：「人已經老了，如何能重生呢？」以上便是主耶穌給他的答案了。
16-18節，16節被譽為聖經金句中的金句，上文主耶穌提到信子的人得永生，約翰按此講論到神對世人的愛，「神愛世人」是不限什麼人，不分種族、性別、貧富、聰明、愚拙、強壯、軟弱，甚至無論被人看為好人或惡人，在神的至聖的標準，世人都犯了罪，虧缺了神的榮耀，全都是罪人，全都要被審判，全都要滅亡，沒有一個人可以例外。但「神愛世人」說明神救贖世人的原因，因神就是愛，祂的愛普及全人類。「祂的獨生子」就是三位一體的神之一位，是創天造地、自由永有、具有全部的永能和神性，神要拯救世人不靠其他受造之物。因著神對世人無比的愛，父神將祂懷裡的獨生子賜給世人，主耶穌是神的愛子，但神卻為了愛世上的「罪人」，竟然主動將愛子賜給他們。只要有人肯相信，即願意接受主耶穌基督的救恩，便不會因罪滅亡，反得永生，更能夠成為神的兒女，然而，我們不要忘記，不是所有人都相信祂，甚至我們自己從前也是拒絕主、得罪神。然而，當我們還作罪人的時候，基督就為我們死，這便顯明神的愛了！何謂「不至滅亡」，原本人犯罪是必「死」，現因主的救贖才「不至」滅亡，「滅亡」不是俗語的灰飛煙滅，而是永遠要在硫磺的火湖裡受痛苦，並與魔鬼一同受苦；何謂「反得永生」，原本人是不配不能不應得永生，而因信主反而得到，「永生」不只是永遠的存在，聖經多處提到永生的寶貴，如彼得提到信主的人「可以得著不能朽壞、不能玷污、不能衰殘、為你們存留在天上的基業（彼前1: 4）」。還有在永生裡，神要與我們同住，我們要作祂的子民；神要親自與我們同在，作我們的神。神要擦去我們一切的眼淚。不再有死亡，也不再有悲哀、哭號、疼痛，因為以前的事都過去了（啟21:3-4）。人之所以可享永生，乃因主耶穌死後三天復活，將祂自己永遠的生命賜給凡信祂的人。聖經文解釋神差祂兒子降世的目的，猶太人以為彌賽亞要來，為要復興地上的以色列國，那時世人便要受到審判。但主耶穌第一次來到世上的使命卻不是審判世人，因著神的愛，祂賜人悔改得救的機會，當等到得救的人數添滿了，主耶穌第二次來才審判不肯悔改的人。因此、神差祂兒子第一次降世，就不是要定世人的罪，乃是要叫世人因信主耶穌得救。對信主的人，不被定罪，但對於不信的人，罪已經定了，因為他們不信神獨生子的名。「定罪」是指神會追討人所犯一切的罪，其中更包括了「不信」。所有人原有應按自己的罪而滅亡的，現在因著神的恩，凡是罪人都因信可以不至定罪。故此，那「不信」的人既然拒絕接受救恩，就必然要按自己犯的罪而被定罪。所以，聖經指出人被定罪就是因他們「不信」神獨生子的名。